自然資源部第三海洋研究所(簡稱海洋三所)成立于1959年，是中華人民共和國自然資源部直屬的國家公益一類綜合型海洋科學(xué)研究機(jī)構(gòu)，位于福建省廈門市。

研究所主要從事海洋基礎(chǔ)研究、應(yīng)用研究和高新技術(shù)研究，重點(diǎn)發(fā)展深海生物研究與海洋生物資源開發(fā)利用、全球變化與區(qū)域海洋響應(yīng)、海洋生物多樣性與生態(tài)系統(tǒng)保護(hù)、應(yīng)用海洋學(xué)四個學(xué)科領(lǐng)域等研究方向;同時，研究所是國家海洋標(biāo)準(zhǔn)委員會生物資源開發(fā)與保護(hù)分技術(shù)委員會、中國海洋學(xué)會海洋生物資源專業(yè)委員會、中國海洋工程咨詢協(xié)會環(huán)境生態(tài)專業(yè)委員會、中國太平洋學(xué)會危險(xiǎn)品與放射性評估分會、中國生態(tài)學(xué)會海洋生態(tài)專業(yè)委員會以及福建省海洋學(xué)會的依托單位。

根據(jù)2019年3月研究所官網(wǎng)顯示，自然資源部第三海洋研究所有編制505人;擁有10個研究部門及廈門海洋工程勘察設(shè)計(jì)研究院;有在讀碩、博士研究生160多人。